Hlavním úkolem oddělení je dlouhodobě založená badatelská práce v klíčových oblastech analytické filosofie. Základní kritéria jejího hodnocení jsou odvozena z nároků, která tento směr klade na filosofické myšlení: maximální explicitnost a přesnost formulací; zřetelná (a tedy kontrolovatelná) struktura argumentace, která umožňuje racionální diskusi; s tím související neustálá kritická reflexe jazykové a logicko-metodologické stránky filosofické práce. Respekt k hodnotám, které tento proud přinesl do současné filosofie, neznamená ignorování jiných způsobů filosofického uvažování ani obcházení zásady, že vážně míněná filosofická práce musí být založena na důkladné historicko-filosofické reflexi.