Oddělení bylo založeno v roce 1990 jako součást obnoveného Filosofického ústavu Československé akademie věd. Jeho původní snahou bylo zahájit systematický výzkum v oboru reprezentovaném do té doby pouze pracemi několika autorů (zejména logika Pavla Materny a filosofa vědy Ladislava Tondla), kterým byly z politických důvodů odepřeny publikační možnosti. Členové oddělení uvedli do českého kontextu řadu témat, která byla zdejší filosofické tradici dosud neznámá. Patří k nim např:

• filosofie jazyka:
  spor mezi deskriptivistickým a "přímým" pojetím reference; struktura a typologie mluvních aktů; griceovský projekt intencionální sémantiky; davidsonovský program v teorii významu; wittgensteinovský problém následování pravidla; Lewisova teorie konvence a role konvenčních faktorů v komunikaci; spor mezi internalistickým a externalistickým pojetím konstrukce obsahu komunikativních a myšlenkových aktů; povaha reference ve fikčním diskursu;
• filosofie mysli:
  diskuse o mentální kauzalitě po Davidsonovi; implikace sporu mezi psychologickým internalismem a externalismem pro řešení psychofyzického problému; různé formy současného eliminativního materialismu; současná debata o teleosémantice v rámci pokusů o naturalizaci mysli; současné diskuse o tom, zda racionalita je či není nutnou podmínkou intencionality; analýza vědomí v kognitivní vědě – zejména problém naturalizace kválií, propoziční a percepční teorie vědomí, teorie vědomí vyššího řádu; možnosti heterofenomenologie; analýza emocí v kognitivní vědě – zvláště stav diskuse o vztahu emocí k intencionalitě, o vztahu mezi evoluční teorií a teorií emocí aj.;
• analytická metafyzika:
  analytická diskuse o univerzáliích a problém vztahu mezi univerzáliemi a abstraktními jednotlivinami; pojetí vztahu mezi univerzáliemi a artefakty po P. F. Strawsonovi; analytická reflexe diskusí o vztahu univezálií a fikčních entit v dějinách filosofie; metafyzika osobní identity po Kripkeovi; kritická reflexe debaty mezi metafyzickými realisty a antirealisty; filosofie času; pojmy emergence, redukce a supervenience;
• filosofie vědy:
  filosofie prostoru a času v rámci současné filosofie fyziky (McTaggartův paradox, temporální realismus versus temporální nonkognitivismus, cestování v čase aj.); debata o vědeckém statusu darwinismu v rámci filosofie biologie a kritika různých forem kreacionismu; Feyerabendův ontologický relativismus a teorie relativity; teorie emergence a redukcionismus; Popperův kritický racionalismus, zejména jeho pojetí vědecké racionality založené na principu falzifikace; filosofie humanitních věd, zvláště vliv Popperovy filosofie vědy v metodologii dějin umění; vztah mezi vědeckou racionalitou a tzv. zdravým rozumem;
• epistemologie:
  evoluční epistemologie v anglosaské i německé tradici; Popperova epistemologie a její současní kritici a pokračovatelé; formální epistmologie a teorie pravděpodobnosti; současný stav debaty o epistemologii svědectví; Goodmanův "nový problém indukce";
• etika:
  současná debata o dopadech darwinismu v etice a metaetice; aktuální stav diskuse o nonkognitivismu v metaetice; aplikovaná etika (konkrétně etika eutanazie);
• estetika:
  současné diskuse v analytické filosofii literatury o fungování jazyka ve fikčním diskursu, o vztahu mezi textem a dílem, o roli autorských intencí v identifikaci díla atd; diskuse o ontologii uměleckého díla (literárního i výtvarného) v současné analytické estetice.

Vědeckoorganizační činnost oddělení se soustředila zejména na vytvoření sítě mezinárodních a interdisciplinárních kontaktů. S tímto záměrem oddělení uspořádalo v devadesátých letech sérii mezinárodních konferencí o analytické filosofii v Karlových Varech a řadu návštěv jejích klíčových představitelů: hosty oddělení byli mimo jiné Willard V. O. Quine (který přijal pozvání čtyřikrát), Donald Davidson, Hilary Putnam, Peter F. Strawson, John Searle, Noam Chomsky, Dagfinn Follesdal, John McDowell, Stephen Schiffer, Brian Loar, Jerrold Katz, Paul Horwich, Stephen Neale, Hartry Field, Paul Boghossian a mnozí další.

Pro studenty Karlovy univerzity oddělení uspořádalo sérii přednáškových pobytů předních zahraničních analytických filosofů (za podpory Jan Hus Foundation), několik výměnných studijních pobytů (spojených se studentskými konferencemi) v rámci spolupráce s University of Kent a na základě svých mezinárodních kontaktů zprostředkovalo řadě studentů účast na zahraničních akcích či studium na zahraničních univerzitách.

Oddělení zároveň od počátku usilovalo o udržování aktivních mezioborových kontaktů: s tímto záměrem pořádalo v devadesátých letech sérii mezioborových seminářů věnovaných klíčovým pojmům a metodologickým principům relevantním napříč různými disciplínami.

Mezioborový a současně mezinárodní základ mají Prague Interpretation Colloquia, která oddělení pořádá od roku 2000: jejich cílem je zprostředkovat diskusi mezi filosofy, estetiky a literárními teoretiky o základních problémech teorie interpretace. Od roku 2012 se konají Ernst Mach Workshops, mezinárodní diskuse s klíčovými osobnostmi současné filosofie vědy. Řada konferencí a dalších aktivit oddělení se uskutečnila mimo rámec těchto pravidelných akcí (viz Akce).